Функцията на изолаторите е насочена, както е открито при експерименти с плодови мушици. gypsy беше вмъкнат в жълтия локус y на Drosophila melanogaster, което доведе до инактивиране на y гена в някои тъкани, но y генът все още беше активен в някои тъкани, тъй като имаше изолаторна последователност в единия край на gypsy. gypsy ще има различни ефекти върху генната активност, когато gypsy се вмъкне на различни места в y локуса. Това е така, защото активността на y гена се регулира от четири енхансера. Когато изолаторът се вмъкне непосредствено преди промотора, той блокира активирането на гени в острието на крилото и тъканите на кутикулата на тялото (от усилвателя нагоре по веригата). Но не блокира експресията на y гена (от енхансера надолу по веригата) в четините и предните нокти.
Тъй като някои усилватели са нагоре и някои надолу по веригата на промотора, ефектът на изолатора не зависи от позицията на изолатора спрямо промотора. Следователно причината за насочеността на ефекта на изолатора не е наистина разбрана. Установено е, че два локуса влияят на функцията на изолатора по начин на транс-активиране. Нуклеопротеинът, кодиран от гена S2J(Hw), разпознава изолатора и едва след като изолаторът се свърже с него, има изолиращ ефект. Когато този ген е мутиран, ефектът на изолация се губи въпреки вмъкването на изолатор в y локуса и y се експресира във всички тъкани. Друг локус е mod(mdg 4). След мутация на този ген, ефектът му е точно противоположен на Su(Hw), т.е. тези мутанти засилват изолационния ефект, което прави изолационния ефект на изолатора вече ненасочен и разширен, т.е. блокира ефекта на усилвателите върху двете нагоре и надолу по течението.
